Het top-upbudget wordt cash uitbetaald aan de vergunde zorgaanbieder. Maandelijks, en dit steeds voor de 15de van de maand, ontvangt de vergunde zorgaanbieder een deel van het goedgekeurde budget. De vergunde zorgaanbieder betaalt op zijn beurt de andere betrokken partners conform de afspraken in het hulpverleningsplan.
Binnen de 30 dagen na afloop of stopzetting van de top-up bezorgt de vergunde zorgaanbieder een evaluatieverslag en financiële verantwoording aan het VAPH. De financiële verantwoording bevat een overzicht van de ingezette personen, de tewerkstellingstijd en de kostprijs per partner. De facturen moeten niet aan het VAPH bezorgd worden, maar worden bewaard door de vergunde zorgaanbieder. Die moeten voorgelegd kunnen worden wanneer de Zorginspectie of het VAPH daarom vraagt.
Het laatste deel van het top-upbudget wordt uitbetaald door het VAPH na ontvangst van het evaluatieverslag en de financiële verantwoording over de uitvoering van het hulpverleningsplan. Als op basis van de financiële verantwoording geen resterend bedrag meer is verschuldigd, wordt de laatste maandelijkse subsidie niet uitbetaald. Als er geen verantwoording kan worden gegeven voor de reeds betaalde subsidie, wordt die teruggevorderd.